實驗動物的飼料在收獲、加工、貯存及運輸過程中都有污染病菌的可能，為確保實驗動物質量和動物實驗的準確性，我們要通過適當的消毒方法使其達到滅菌的目的。用于飼料消毒的常用方法有干熱、濕熱、輻照及藥物熏蒸等多種，目前常用的滅菌方法有以下兩種。
(一)高溫高壓滅菌法
高溫高壓滅菌法是指將飼料在121℃，1.0kg/立方厘米的脈動真空高壓滅菌柜20min以上，將細菌全部殺死。但絕大多數維生素，尤其是維生素C、維生素B1、維生素B6和維生素A等，遇熱會受到破壞，而純化學性飼料比天然飼料更不穩定。
(二)放射線照射滅菌法
γ射線輻照滅菌對多數維生素和蛋白質、氨基酸等營養成分的破壞都比較小。目前，對SPF級實驗動物飼料通常采用吸收劑量25～50kGy左右的60℃照射，對純化學性飼料則應適當降低輻照劑量。雖然放射線照射滅菌法在滅菌效果和對營養素的破壞程度方面都優于其他方法，但這種滅菌方法會顯著增加飼料成本。